柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門(mén)，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問(wèn)細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫(xiě)下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門(mén)前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

正在公園里踢足球的少年偵探團(tuán)突然聽(tīng)到一聲慘叫，房間里沖出來(lái)一個(gè)人慌張的讓他們報(bào)警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場(chǎng)證明，就在眾人一籌莫展時(shí)，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開(kāi)案件提供了關(guān)鍵的線索。

半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時(shí)，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發(fā)現(xiàn)吊死在自己的公寓中，因?yàn)榉繓|和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書(shū)，所以事件被當(dāng)做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責(zé)，而小五郎的話讓她重新振作了起來(lái)，為了感謝小五郎才有了今天的約會(huì)，但在約會(huì)中柯南卻看出那起案件的隱情。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。