莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

太后被紀曉嵐的肺腑之言所感動，答應出面參與調查。和珅的文字獄愈搞愈烈。和珅煽動乾隆命紀曉嵐將顏驥的藏書付之一炬，紀曉嵐巧設妙計保住藏書。如玉在和珅的安排下結識小月，小月對如玉的學識很是佩服并求教于如玉。看到小月的學問突飛猛進，紀曉嵐不禁對如玉產生好奇。小月將紀曉嵐介紹給如玉，紀曉嵐對如玉的品行頗為欣賞。和珅將摻有迷hun藥的煙草送給紀曉嵐，趁紀曉嵐神志不清時，和珅讓其寫下顏驥窩藏反書的奏章。如五發現家父的藏書均在紀曉嵐家中，于是誤認為紀曉嵐為霸占藏書而將顏驥迫害致死，不由對紀曉嵐更加仇恨。

為避免和珅從中舞弊，紀曉嵐自薦調查此事。紀曉嵐推薦不畏權勢的海升進行調查。和珅讓劉三盡快將煤窯脫手，劉三似有難言之隱。小月假扮皇室之人，與海升進山察探，表示要買下煤窯并約劉三在酒樓詳談。劉三得知后暗自慶幸，迫不及待地前去和海升商談買賣煤窯之事，被早已等候于此的紀曉嵐捉拿歸案。和珅表示自己查出劉三是開窯之人，并要求紀曉嵐從嚴查處，以示自己秉公執法。眾人規勸海升看在和珅的面上放過劉三，以給自己留后路，海升堅持要秉公處理，和珅擔心劉三供出真正的幕后主使而連累自己，于是命劉三服毒自盡。海升欲繼續調查，卻得知劉三已死并被家人拉回老家埋葬。

見到戴沾對紀曉嵐不屑，小月很是憤然，欲百般捉弄戴沾，卻不小心失足從樹上跌下，幸而戴沾出手相助。在乾隆的詢問下，和珅說出設計于紀曉嵐的真相。和珅道出自己已從神父處得知真相，讓紀曉嵐不要再虛張聲勢。戴沾表示要報答顏驥的救命之恩，誓要與紀曉嵐斗爭到底，如玉被戴沾的一腔正氣所折服，暗生愛慕。和珅、乾隆不相信紀曉嵐有迷魂煙草，于是紀曉嵐請來太后作證人。和珅、乾隆果然抽完后迷倒。太后很是驚訝，紀曉嵐坦言自己只是在茶里放了迷魂藥，懇請太后做主為顏驥全家平反。太后最終被紀曉嵐的一番肺腑之言所感動。和珅中了紀曉嵐的計，無奈只得說出顏驥被奸人陷害的真相。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。