毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉土學者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點參觀，卻意外撞到鎮長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮長為何要扮成天狗？他自殺的動機又是什么？

少年偵探團的理科自由研究作業是拍攝鎮子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

這天，米小圈的班級來了模范英雄，英雄講完他小時候實現夢想的艱辛，問同學們有什么夢想，米小圈的同學各抒己見，有愿望當人民教師的，有夢想當科學家為人類做貢獻的，當提問到米小圈，他早就想好了，人生最大的愿望就是當一個賣冰棍的老奶奶，米小圈的愿望一說，全班同學哄堂大笑，米小圈窘得兩個小臉蛋通紅通紅的。回到家，他依然愁眉不展，媽媽建議他作一名老師也好，米小圈卻心悸地說萬一李琳當上了教研組組長，今后還得歸李琳管，媽媽又接著給他出主意當一名白衣天使，米小圈也害怕從小就歸老媽管，真的不敢長大了還跟老媽在一個醫院，實在太痛苦了。米小圈的父親給他出主意，可以當一名畫家，今后名利雙收，有無數的粉絲紛紛朝他蜂擁，為他喝彩。父親的動人演講深深打動了米小圈，他當即決定，自己今后要當一名畫家。很快，父親便給他安排到繪畫班學習畫畫。第一次來到繪畫班，米小圈便被梵高的自畫像給迷住了，這個赫赫有名的畫家哪里都正常，唯獨少了一個耳朵，旁邊的同學故意嚇唬他，梵高就是割了一只耳朵才聞名世界，原來要出名必須少一個耳朵，米小圈有些觸目驚心，心里開始打退堂鼓，美術老師終于出現了，米小圈驚訝地看到老師也將其中一個耳朵打上繃帶，簡直和畫

"米小圈睡得模模糊糊，他打開鬧鐘一看，呀，時間已經到了上午10點多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個要上班，一個要上學，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來鬧鐘放反了，現在才凌晨2點多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開了序幕。上午老師給全班同學留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來想去，他覺得自己的朋友實在太少了，忍不住傷心的哭了起來，父親看到孩子在抹眼淚，關切地坐在他身旁問怎么回事，米小圈問爸爸有沒有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來沒有想過，于是隨口感嘆，他好像一直都沒有朋友，說完這句話，父親也感覺到深深的悲哀，忍不住痛哭起來，母親看到父子倆如此悲戚，無奈搖搖頭。最近《十萬個為什么》在小朋友身邊非常流行，放學后米小圈和同學車馳一起討論《十萬個為什么》里面的內容，嗯，這個車馳實在見識廣博，米小圈站在他面前，簡直就像一個三歲的小朋友，自我感覺實在太孤陋寡聞，他決定今后少和車馳小朋友在一起探討有關科學方面的問題。轉眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個上臺演講，說一說他的好朋友，同學們一個又

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？