新一請小蘭到米花中心大樓的高級餐廳吃飯，而且還表示有重要的事情要告訴小蘭，可是卻遲遲說不出口。就在此時突然傳出有人尖叫，原來是在電梯里面發現一名遭到槍殺的屍體。死者是在同大樓開電玩公司的社長辰巳泰治。知道新一對殺人案很好奇的小蘭，叫新一先去破案再說。當新一趕到現場時，警方已經到達，并且認為應該是為了搶錢而殺人。可是就只有新一認為案件沒這麼單純...

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務所找爸爸的雅美手表上，根據女孩提供的信息柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應就此結束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔心雅美有危險，柯南利用追蹤器找到了一個高大的男人并非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡單，深入調查過程中，又出現了一樁命案。

小五郎的學長寺岡請他們吃烤肉的時候，突然接到一個名叫松山的人的電話，為勸說此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其后，到達碼頭后，寺岡單獨去見松山，可不一會兒，大家就聽到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說手槍上除了寺岡和松山還有第三個人的指紋，柯南仔細思考之后，斷定這枚指紋就是讓犯人認罪的完美證據。

少年偵探團在海灘度假的時候，偶然認識了春日財團的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時撿到了小忍發出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質，關鍵時候小蘭趕來，將春日制服。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫生佐藤、伊達，期間伊達曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發現尸體，柯南洞察到伊達神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？