外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪?？履喜煊X到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發生了。

小五郎竟然拒絕去看沖野洋子主演的新電影，原因是這部電影的原型很像他和妃英理，正當他們爭論的時候小蘭接到了一個聊天軟件的申請，同意后小蘭竟然收到了媽媽妃英理的求救，就在他們疑惑的時候另一個相同的賬號也加入了聊天，柯南一眼看出妃英理遇到了危險，而犯人正在擾亂他們的判斷。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉土學者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點參觀，卻意外撞到鎮長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮長為何要扮成天狗？他自殺的動機又是什么？

唐三為小舞梳頭，不由地聊起了各自的家庭，兩個人越聊越投機，小舞高高興興去吃飯，王圣等人趕忙湊過來好奇地問東問西，唐三心里坦蕩蕩，他夸小舞是一個很單純的姑娘。蕭塵宇派柳龍在女生寢室找了一大圈，也不見小舞的人影，沒想到小舞竟然住在七舍，而且還是這里的老大，蕭塵宇大為惱火。小舞興沖沖拉著唐三去食堂吃飯，蕭塵宇邀請小舞去魂師會館吃好吃的，小舞根本不領情，柳龍沖小舞大呼小叫，要強行拉她走，小舞飛起一腳把柳龍打翻在地，蕭塵宇惱羞成怒，還搬出苑長是他三叔來說事，唐三根本不買賬，拉起小舞就去食堂吃飯了。理論課考試的時候，柳龍不會答題，就搶了王圣的卷子，還倒打一耙，誣陷王圣作弊，唐三和小舞站出來揭穿柳龍，監考老師不容分說把柳龍和王圣趕出去。接下來就是武魂格斗課，教官讓蕭塵宇給同學們做示范，蕭塵宇讓唐三做他的搭檔，其實就是想讓唐三當活靶子，趁此機會好好教訓唐三，蕭塵宇揮拳擊打唐三胸口，他被打得站立不穩差點摔倒，蕭塵宇步步緊逼，招招致命，一一被唐三巧妙化解，兩個學員分別死死拉住唐三的手臂，蕭塵宇揮拳狠狠打向他的腹部，唐三紋絲不動，蕭塵宇感覺有一股巨大的反擊力量，十分驚訝唐三如何反擊的。教官讓學員們擊打沙袋練