日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

一家房地產(chǎn)公司的黑心社長(zhǎng)東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對(duì)方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

鷹取嚴(yán)男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當(dāng)他醒來時(shí)鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫(yī)院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發(fā)現(xiàn)的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發(fā)現(xiàn)了被盜珠寶店的采購員的尸體。

為了打開藏有珍貴月長(zhǎng)石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請(qǐng)各界人士前來打開機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請(qǐng)，希望借此機(jī)會(huì)吸引基德并將其繩之以法。收到邀請(qǐng)函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動(dòng)。柯南能否順利找出基德真身？