元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發現了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現了本不該在這個季節出現的甲蟲，為了進一步進行調查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅車趕往群馬，在這里他們認識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當得知白井被殺的消息后，每個人都連忙推卸，但根據目前掌握的線索，兇手一定就在他們三人之中。

解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發高燒的情況下想起過去碰到的命案。那是與新一去紐約時發生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開演前的舞臺陳設，不想這時卻發生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無法躲避，危機時刻，小蘭挺身而出。

被誤認為同學片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發現了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發現被絞死在停在停車場的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協助下犯人終于被捕。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發現，看到了『×』的標記，但卻不知其意。放學后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內停電，咖啡店邊的電梯發現男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發現死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！