和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對(duì)信一的死亡現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉庫里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒錯(cuò)！

光彥說他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子說自己只是去廁所調(diào)整隱形眼鏡而已，這說法合情合理，可柯南總覺得還有疑點(diǎn)，之后灰原一句無意的話語讓柯南終于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案現(xiàn)場找到了證據(jù)，正巧阿笠博士也趕來接他們，柯南就借阿笠博士之口并重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。

九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個(gè)學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對(duì)柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識(shí)。

在醫(yī)院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現(xiàn)場狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當(dāng)時(shí)他們買東西的場景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

柯南等人受邀參加假面超人影迷俱樂部的派對(duì)，派對(duì)還沒開始多久，突然沖出一名叫三島的男子將假扮成突擊警察的本田先生射殺，繼而自己又舉槍自盡。所幸的是本田穿了件防彈衣，只是輕微受傷，并無生命危險(xiǎn)。眼見不一定為實(shí)，在大家都以為三島是自殺的時(shí)候，柯南察覺到這其實(shí)是件蓄意謀殺案。