柯南去看望同學片岡純，結果被人誤認為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運輸，開始調查。在調查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

在聽取了觀野家主婦節子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節人偶的排列方式上發現了事件的真相。在柯南的解說之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現了一張惡魔牌，在對工作人員進行詢問之后，小五郎認為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調查，并且還發現了不少線索，他利用廣播將船艙內的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發現，當他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認為被告是蓄意謀殺，甚至想以強盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發現場重新調查，他們竟然在這里發現了一條關鍵線索。