建太去撿球時(shí)透過(guò)窗戶發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開(kāi)除，警察推測(cè)這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺(jué)，沒(méi)有聽(tīng)到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場(chǎng)后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開(kāi)往火葬場(chǎng)。情況十萬(wàn)火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場(chǎng)，而棺材內(nèi)卻并沒(méi)有找到柯南，在大家束手無(wú)策時(shí)又傳來(lái)了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場(chǎng)，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

米小圈在電視上看到小區(qū)大娘的寵物狗丟了，看來(lái)小區(qū)附近有偷狗賊，米小圈非常驚慌地跑出去看耗子，剛好姜小牙也在，姜小牙總是來(lái)看耗子，現(xiàn)在不會(huì)再偷偷將它帶回家了，鐵頭也看了電視，匆匆忙忙來(lái)找耗子，三個(gè)人都這么關(guān)心寵物狗，鐵頭聽(tīng)到米小圈同意他作孩子的哥哥，起初還很開(kāi)心，當(dāng)聽(tīng)到姜小牙和米小圈都作了耗子的爸爸時(shí)，頓時(shí)不開(kāi)心了，三個(gè)人的關(guān)系這么鐵，現(xiàn)在直接差輩了。三個(gè)人正說(shuō)著，忽然發(fā)現(xiàn)狗沒(méi)了，之后匆匆忙忙去找狗，卻在小區(qū)另一側(cè)，中央公園門(mén)口一個(gè)老大爺騎車帶著耗子悠閑而去。米小圈和姜小牙鐵頭就這樣看著耗子被帶走，他們立刻給警察叔叔報(bào)了警，之后尾隨狗販子看要將狗帶去哪里。他們一路跟著到了一處小院，親眼看到耗子被關(guān)了進(jìn)去，米小圈和姜小牙和鐵頭商量采用聲東擊西的方法引開(kāi)爺爺，之后再偷偷潛入院子將耗子偷走。鐵頭哭不出來(lái)，姜小牙便幫忙在他大腿處狠狠掐了一把，終于鐵頭疼得哇哇大哭。鐵頭哭著稱自己找不到家，老大爺便帶著他去找家，米小圈和姜小牙便悄悄溜進(jìn)院子，將耗子給抱了起來(lái)，姜小牙被一盆粉紅色的面團(tuán)吸引，伸手去捏了捏，竟然整雙手都被陷了過(guò)去，米小圈趕過(guò)去幫忙，兩人都被面團(tuán)黏住了。就這樣錯(cuò)過(guò)了偷跑的最佳時(shí)機(jī)，不一會(huì)兒

平次與和葉邀請(qǐng)小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過(guò)血跡找到真兇，萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)想到店內(nèi)的幾個(gè)客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時(shí)，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。