小蘭從昏迷中醒來時發(fā)現(xiàn)自己在一個小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長家，并指認這個用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動承認自己的罪行，就在這時，死羅神出現(xiàn)。

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個冒牌飼主二本松，雖被識破但他還是用花言巧語騙過了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

東西南北四個代表簡單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時候卻發(fā)現(xiàn)導(dǎo)播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時，照顧他們起居的甲谷突然說這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時津潤哉說起了一年前的薰衣草殺人事件。時間一點點過去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時，他已死在了密室中。

最有可能犯案的就是第一個沖進房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發(fā)時間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實，這無疑是染井?dāng)[脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發(fā)現(xiàn)場，事已至此，染井主動承認自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號的字條，少年偵探團集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。