幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

自稱宇智波信的敵人左臂里埋入了復數的寫輪眼，這讓鳴人和佐助聯想到了大蛇丸，為了救回小櫻他們決定前往大蛇丸的基地。在大蛇丸的基地里佐良娜看到了和爸爸合照的鷹小隊成員，她私下詢問水月關于香燐的事情，并稱香燐可能是自己的親生母親，多事的水月拿出香燐留下的臍帶樣本比對DNA，沒想到竟與佐良娜的DNA完全吻合。

博人一行遇到的對手竟然是本該被消滅的白絕，這里無疑是輝夜的遺跡。木葉丸了解到事態的嚴重性，他命博人一行先回村子匯報，自己則留下追擊白絕，擔心老師安危的博人一行不愿離開，在佐良娜折中的建議下木葉丸勉強同意他們參戰。打敗了白絕后他們前往遺跡的深處，而遺跡中數十個白絕正在天照中燃燒殆盡。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。