小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺準備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時，時鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

搞笑藝人廣松晨跑的時候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報警，不想他這個第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因為尸體擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認為自己的朋友絕對不會殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個讓人心酸的真相。

某天，一個自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團，得知這個消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重擊，已死于家中，警方經(jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

一個男子走路的時候差點被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團發(fā)現(xiàn)，為確認身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……