根據巖石上的暗號以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個同伴吵鬧著要離開一角巖時，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個人來”的信息！而就在柯南追過來之后發現險遭毒手的萬由美。在眾人調查神社時得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。

少年偵探團與白鳥警官在電影院偶遇，期間，他回想起了自己想要成為警官的理由，這時，一名叫笠倉那海的小姐與大家相識，并且她與白鳥警官曾經相識過女孩一樣，會用吸管包裝紙做成的花帶裝飾樂杯，難道她就是白鳥回憶中的少女？在聽說那海被跟蹤狂騷擾之后 ，大家一起前往她現居住的公寓 卻在發現她的男友橫尸家中，這是跟蹤狂犯下的命案嗎？還是這根本就是那海的自導自演？

資產家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗號信來提示自己的財產所在地。中北無意的話點醒了柯南，而就在這時犧牲者再一次出現！這次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的樹屋找到了弓，而愛好弓的荻人成了頭號嫌疑人但就在這時卻傳來荻人墜崖的消息。最終在柯南的推理下找出了犯人，而一場遺產爭奪戰也浮出水面。

連續三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發現屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！