13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會接近關(guān)口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學(xué)會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進(jìn)行尋寶時，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對他們每個人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時，小蘭無意中的一句話提醒了柯南，原來犯案的不止一人。

柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯(lián)誼的高木和佐藤警官，然而，在聯(lián)誼進(jìn)行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據(jù)彩和她弟弟將史的說法，警察將目標(biāo)鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經(jīng)過一一調(diào)查卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異樣，難道犯人不在他們之中？

柯南，小蘭和園子與本堂瑛祐來到園子的別墅。但路上卻發(fā)現(xiàn)必經(jīng)的吊橋塌了。小蘭等人決定在有人來接他們前先前往附近的別墅休息。屋主槇野純，天堂享，倉本耀治說他們的別墅被詛咒了。這棟別墅最初是一對富翁兄弟建造的，哥哥說有妖怪從窗外潛入了別墅后便封印了窗戶而次年，哥哥和妻子就相繼去世。之后瑛祐發(fā)現(xiàn)窗子上奇怪的影子，之后眾人發(fā)現(xiàn)了在屋里上吊身亡的倫子！