與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現了一張惡魔牌，在對工作人員進行詢問之后，小五郎認為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調查，并且還發現了不少線索，他利用廣播將船艙內的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

爆炸接二連三的發生，必須要快點抓住歹徒，于是少年偵探隊又仔細看了一遍錄影帶，然而依然沒有任何收獲，柯南不得不重新思考并試圖去揣摩歹徒的心理，這時，他好像突然想到了什么便沖出警局直奔光彥當時拍攝時所站的郵筒，確定了自己的推測后，柯南讓少年偵探隊找到附近其他的郵筒，這起爆炸案到底和郵筒有什么關系？

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發的系統軟體和黑衣組織發來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內的電話響起，從另一邊傳來沃克質疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應對？

柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調解的當事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時半崎在公園里出現。柯南眾人發現半崎的疑點，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

為調查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現，沒錯，這些恐怖現象確實是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關，而兇手就是他！