在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了?？履系热嗽谏衩氐陌岛谥杏龅搅烁魇礁鳂拥臋C(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們?yōu)榇蠹医沂玖诉@些看似詭異的手法后又發(fā)生了命案，這次被害的是消失已久的長女。案件又陷入了謎團(tuán)，擔(dān)心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個(gè)提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現(xiàn)在還缺少?zèng)Q定性證據(jù)。

新印象公司旗下的業(yè)務(wù)員們發(fā)生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長要求支付現(xiàn)金，隨后犯人進(jìn)一步指明交付現(xiàn)金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會以什么樣的方式接受現(xiàn)金。犯人利用電磁鐵取走現(xiàn)金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調(diào)查時(shí)卻看到了他的尸體。