揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們?yōu)榇蠹医沂玖诉@些看似詭異的手法后又發(fā)生了命案，這次被害的是消失已久的長女。案件又陷入了謎團(tuán)，擔(dān)心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個(gè)提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現(xiàn)在還缺少?zèng)Q定性證據(jù)。

園子中學(xué)時(shí)的好友矢內(nèi)小姐拜托小五郎幫她重新調(diào)查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認(rèn)定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點(diǎn)，事發(fā)當(dāng)天正在商量明年創(chuàng)立祭的矢內(nèi)小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個(gè)趕到現(xiàn)場的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現(xiàn)場時(shí)看出了端倪。

撿到地圖上的四個(gè)記號(hào)讓光彥等人認(rèn)為將會(huì)有案件發(fā)生，少年偵探團(tuán)再次出動(dòng)逐戶去敲門提醒，而這四戶中的香月先生卻意外身亡。調(diào)查回來的柯南遇到了發(fā)現(xiàn)香月先生的小狗酷兒，趁光彥等人不注意而被偷走的地圖正是酷兒的主人八木澤先生為了遛狗理由而畫下的，偷走這樣地圖的無疑就是這次事故的兇手，而關(guān)鍵詞則是香煙。

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。