遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀案發現場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據和葉和小蘭回憶她們當時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進行查看，沒想到魔犬再次出現。

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復了正常的生活，在放學回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內來玩捉迷藏。就在這時元太發現有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發現這是有人發出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發現了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應該這應該辦！

服部這次帶來的案件是五年前去世的犬伏集團會長的養子女們接二連三離奇死亡的事件，而且據說案件是由身上纏繞火焰像犬一樣的魔物所造成的，因為其中一名養子跟和葉的母親是舊識，于是柯南和服部一起登門拜訪探聽詳細情況，沒想到對方的名字竟然是工藤伸一與工藤新一讀音相似，在他們詢問之前，伸一竟然被人設計成一氧化碳中毒而亡，之后，前來調查的警方從死者口中發現了一顆掉落的珍珠，這會是死者留下的死亡訊息嗎？

警方在將這三個嫌疑人分開偵訊之后，又在死者的包里發現了一把手槍和強盜集團百鬼夜行留下的字條，并從小島權作的秘書那里得知，他舉辦此次活動是為了尋找殺死自己愛犬的同叫小島的強盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據被銷毀，但他巧施妙計讓兇手自己主動承認了罪行。

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯系東山先生的時候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當時在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發現了一些關鍵線索，即使案件多么錯綜復雜但真相只有一個！