柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

深夜從酒館醉醺醺出來(lái)的小五郎在回家的路上差點(diǎn)被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇?biāo)亩绦牛驮谒叵肱c誰(shuí)結(jié)仇的時(shí)候，小蘭發(fā)現(xiàn)這根本不是小五郎的手機(jī)，外套也是一個(gè)叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔(dān)心，在第二天調(diào)查的時(shí)候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒(méi)有受傷，調(diào)查不斷深入，柯南察覺(jué)到了其中的端倪……

由美說(shuō)今天并沒(méi)發(fā)生交通意外什么的，這可讓柯南犯了難，就在這時(shí)，便利店店長(zhǎng)的一句話給了柯南提示，為證實(shí)自己的想法他還去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的車來(lái)到一座舊倉(cāng)庫(kù)，可遺憾的是他們并沒(méi)有找到翔子，反而看到了兩只小貓，知道了翔子的秘密后，柯南又在倉(cāng)庫(kù)外發(fā)現(xiàn)了出車禍的痕跡，難道說(shuō)翔子有危險(xiǎn)？

沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來(lái)的簡(jiǎn)訊，雖然還不知道傳簡(jiǎn)訊人的意圖，但柯南卻察覺(jué)到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開(kāi)了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見(jiàn)山所留下來(lái)數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來(lái)小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來(lái)等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過(guò)商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開(kāi)這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？