一波未平一波又起，繼越路被人襲擊之后，彌山屋也意外失火，并且有目擊者表示彌山的哥哥曾出現在火災現場，案件越來越撲朔迷離，小五郎和警方等人決定先回廣島試圖從紳六的友人著手調查，沒想到悲劇再次發生，上諏訪被不明人士襲擊，這同樣與宮島的七大不可思議相關，柯南想到了上諏訪曾說的話，而這也正是破案的關鍵，沒想到兇手居然是擁有最有力不在場證明的那個人！

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個嫌疑人展開詢問，可是每個人都有不在案發現場的證明，與此同時，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時將高明救出，把他送到醫院的時候，小蘭對醫生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時候，在公園的廁所里發現了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過一面之緣，她當時只在座位上坐了一下什么也沒點就去了店外的廁所，之后與她約見的朋友莊堂來到店里，但久瀨卻再也沒有出現。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場證明。

警方在那海的家中并沒有發現跟蹤狂出現的痕跡 ，可是兇手如果是那海，她又是如何犯案的呢？因為她的不在場證明人正是白鳥警官。白鳥警官打電話讓高木在電影院調查，并讓他買飲料證實自己的想法，雖然這個結果讓白鳥警官難以承受，但是為了揭露真相，他揪出了兇手并破解了她的犯案手法，待一切塵埃落定，白鳥警官陷入了消沉的漩渦，就在這時出現了一個人……

在鈴木財團的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時候基德忽然出現！柯南追著基德來到展館內部的時候發現園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發現了基德所謂下雨的真實含義。基德按照約定來到了展館內而樽見利用假的被盜信息來出售贗品的事實也最終曝光。