少年偵探隊(duì)為了看電影假面劍客的試映會(huì)，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時(shí)間必須向后延長(zhǎng)，而有希子又要趕搭飛機(jī)先行離開，因此柯南等人就暫時(shí)留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場(chǎng)身亡。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無(wú)意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？