柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無(wú)憐奈的事情。

警方仍然將嫌疑犯關(guān)在一起進(jìn)行偵訊，期間秘書和英文補(bǔ)習(xí)班的老師暫時(shí)離開，就在他們離開后，柯南掌握到了關(guān)鍵線索，他讓木暮警官準(zhǔn)備四把椅子并對(duì)他們說一句“咒語(yǔ)”，到時(shí)候，兇手自然會(huì)露出馬腳，到底是什么樣的“咒語(yǔ)”？?jī)词钟质沁@四名嫌疑人中的哪一個(gè)？與此同時(shí)，明知會(huì)有危險(xiǎn)的赤井秀一還是按照水無(wú)憐奈所發(fā)的地址前去赴約。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽(yáng)，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

小五郎帶著小蘭和柯南一起去美容院接妃英理吃飯的途中聽到了奇怪的聲音，停車后，他們發(fā)現(xiàn)格斗家永作司朗的尸體躺在垃圾堆中，警方立刻趕來調(diào)查，他們發(fā)現(xiàn)死者的脖頸部位有許多細(xì)小的毛發(fā),由此推斷永作司朗死亡之前可能在剪頭發(fā)，這時(shí)，給妃英理做頭發(fā)的美容家葉坂皆代說自己曾和死者是戀人，于是一行人又到她的美容院查看，雖然她有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑但與此同時(shí)她也有不在場(chǎng)的證明。

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。