柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現了一具骸骨……

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運用了什么手法來作案的呢？

少年偵探團的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

唐三召喚出藍銀草，藍銀草迅速長大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實了唐三的第二魂環(huán)繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍銀草的種子神不知鬼不覺埋在對手的皮膚表面，然后用鬼藤把對手死死纏繞。唐昊蒙面來到諾丁城，他當街攔住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當天夜里，諾丁城里歡聲雷動，人們自動取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來，交給他一瓶修復武魂的藥水，讓他們三人用完以后好好休息一晚，就可以完全恢復了，唐昊承認殺死了諾丁城主，他不想驚動唐三，想不告而別。唐三突然跟出來，他通過藍銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認錯，發(fā)誓再也不會離開家，答應以后再也不問他以前的事了，就想和唐昊繼續(xù)在這里隱居，平平安安過一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨立，讓玉小剛帶他去一個最適合的地方，說完這些話，唐昊就揚長而去。唐三向大師打聽父親的真實身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學苑，成為最強大的魂師，由于唐昊堅決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細介紹了七大宗門辦的魂師學苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得

日賣體育記者加賀爪弘和橋爪明曾在一年前報道過一篇關于大企業(yè)老板角山制作所的山角雄三社長去世引發(fā)的遺囑失蹤事件，這兩位記者當時不斷煽風點火，將自己挖到的爭奪遺產的丑聞都刊登在雜志上害的親屬爭執(zhí)不斷最后甚至引發(fā)了殺人未遂案。柯南白天在餐館遇到了這兩名關系很差的記者，沒想到就在當晚，加賀爪弘竟然被發(fā)現在河邊遇害。