簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項鏈又被如何處理了？

從其他人的談話中，柯南得知在這起爆炸事件發(fā)生之前，曾經(jīng)也有油桶被打翻的情況，并且周藤豪貴死前所穿的衣服是未婚妻銀林惠奈所送的羊毛衫，根據(jù)這些線索再加上灰原無意的提示，柯南將兇手鎖定，他以警方要錄口訊為由將不知情的兇手帶走，并在車庫中重現(xiàn)犯案時所用的手法讓她自己露出了馬腳。

少年偵探團(tuán)聽同學(xué)說她們家的房客中有一個十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會對他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對巖田的生活以及他的朋友等人進(jìn)行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡單。

因為柯南和妃英理一直想不出嫌疑人有沢悠子所使用的手法，小蘭趁機慫恿妃英理打電話給小五郎，沒想到電話另一頭卻傳來打麻將的聲音，氣憤的妃英理掛掉電話后，突然想起了小五郎以前常常使用的錄音小把戲，如果死者也曾使用同樣的手法騙有沢悠子的話，那么關(guān)于這起案件的所有的疑問都能迎刃而解。

根據(jù)紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發(fā)到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點。