因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營(yíng)火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問出同伴的下落。火勢(shì)蔓延的很快，小哀迫于無奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會(huì)帶給他們很大的麻煩。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過來，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒有發(fā)現(xiàn)其他的蛋糕上有毒。于此同時(shí)，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運(yùn)用了一種名為陰影鉆石錯(cuò)視的會(huì)引發(fā)視覺錯(cuò)覺的形狀，總算讓若松社長(zhǎng)的死亡訊息再次顯現(xiàn)出來，而現(xiàn)實(shí)出的字母竟是SON。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個(gè)皮包，打開之后里面竟是3千萬的巨額鈔票，沒過多久鈔票的失主平沼先生便來到了警局。經(jīng)過調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢的時(shí)間有所出入，仔細(xì)觀察后的柯南得出了結(jié)論，平沼先生是在早上故意將錢放在路上，而他想把錢交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。