在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來(lái)的足以買(mǎi)下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車(chē)站，遇到了自稱(chēng)是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來(lái)到了萩市，沒(méi)想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個(gè)叫鬼保獨(dú)郎的人與平棟堂次發(fā)生過(guò)沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽(tīng)到兇手聲音的鍋井永貴做指認(rèn)，沒(méi)想剛進(jìn)門(mén)就被人打昏。另一邊，柯南因?yàn)椴矫酪痪渫嫘υ挘蝗幌胪薢的含義并說(shuō)兇案早在十五年前就結(jié)束了，此次兇案的發(fā)生不過(guò)是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。

在屋內(nèi)調(diào)查的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)了多處疑點(diǎn)，干凈的浴室、沒(méi)有插電的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣機(jī)內(nèi)的衣服，就在他苦思冥想到底誰(shuí)是兇手時(shí)，園子無(wú)意中的一句話提醒了他，原來(lái)榔頭男從一開(kāi)始就不存在，這不過(guò)是都市傳而已，就在目暮警官等人一頭霧水時(shí)，柯南將園子麻醉，利用變聲領(lǐng)結(jié)道出了真相。

服部打電話告訴柯南雖然沒(méi)有查到水無(wú)憐奈的過(guò)去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見(jiàn)了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過(guò)這個(gè)房間。