柯南等人搭乘環(huán)形電車的時(shí)候，突然從二號(hào)車廂里傳來(lái)慘叫，一名女子橫尸車廂，發(fā)現(xiàn)尸體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發(fā)黑并且有被針狀物刺過(guò)的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到后對(duì)死者的三名同事進(jìn)行偵訊并檢查了他們的物品，柯南發(fā)現(xiàn)其中一人物品很是可疑，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是她！柯南已將謎底已經(jīng)解開(kāi)。

柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識(shí)的魔術(shù)愛(ài)好者見(jiàn)面會(huì)，在回家途中，柯南從收音機(jī)中聽(tīng)到魔術(shù)愛(ài)好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個(gè)人到達(dá)別墅，很快第二個(gè)受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周圍卻一個(gè)腳印都沒(méi)有。

小蘭到上森老師的烹飪教室去上課，菜做到一半屋里突然停電，這時(shí)，烹飪老師上森美智卻不知道被什么人刺傷了背部之后身亡，這名兇手利用繩子和冰塊早就事先制造了一個(gè)會(huì)自動(dòng)斷電的裝置，調(diào)查結(jié)果還發(fā)現(xiàn)，兇手從外部進(jìn)入屋內(nèi)行兇的可能并不成立，那么兇手就是屋內(nèi)除去柯南三人的其他幾名學(xué)生。

柯南用自己的方式證實(shí)了義房身份并未偽造，經(jīng)過(guò)院子的時(shí)候，廣美和有希子談起了15年前自己母親從這里落井死亡的事，突然，柯南看到了木門那邊有個(gè)可疑人影。當(dāng)晚，大家輪流洗澡時(shí)，去外面加柴的廣美發(fā)出叫聲，她看到了可疑人影，并在古井發(fā)現(xiàn)了二媽真知子的尸體，而家里的汽車也莫名被停到了森林。這時(shí)，藪內(nèi)家的律師趕來(lái)宣讀遺囑，期間，義房差點(diǎn)被人蓄意設(shè)計(jì)的十字弓殺死。

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場(chǎng)找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說(shuō)法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說(shuō)以及兇手！