與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

女主播水無憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續(xù)兩個月無故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門口還曾出現(xiàn)過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽門外的動靜，之后，又獨(dú)自來到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個字。

阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學(xué)會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時(shí)光保存罐。

阿笠博士帶少年偵探隊(duì)一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時(shí)，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發(fā)現(xiàn)了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關(guān)于寶藏的信息。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認(rèn)為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發(fā)時(shí)看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數(shù)依次擺放的細(xì)節(jié)并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。