柯南眾人手表雖然找到了，但在護田家看MP4電影的出月被殺害了。柯南確信護田就是兇手，在調(diào)查了錄影帶機附近之后終于找到犯人利用錄影帶機而用花瓶砸暈出月的事實。而與此同時警局內(nèi)有關毛利的卷宗全部被翻閱過的事實讓柯南驚覺自己是不是被黑衣人組織再次盯上了。在解決時間之后柯南匆忙回到事務所發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人原來只是虛驚一場。

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨自調(diào)查現(xiàn)場的時候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨面對犯人說出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認了自己的罪行，因為愧疚之前便已經(jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險。

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫(yī)院進行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應讓柯南意識到自己的身份或許已經(jīng)在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準柯南。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達也的發(fā)法。而兇手也主動承認了罪行并道出了殺人的理由。

服部在參加劍道比賽的時候，竟然發(fā)生了命案，死者是大學生劍道選手垂見，然而奇怪的是，尸體不知道被什么人從第二會館倉庫搬到了游泳池的更衣室，為了趕在柯南等人到達大阪之前破案，服部匆忙離開比賽會場展開調(diào)查，雖然與垂見同隊的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但卻找不到有力的證據(jù)也無法解釋尸體如何移動，就在服部著急破案之時，服部的勁敵沖田上場連連擊敗他的隊友。