佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。

蝶蝶和新希的比賽開始了，可以隨意控制鐵砂的新希擁有強橫的實力，蝶蝶即便使出全力也無法傷其分毫。下一場是鹿臺對戰博人，賽前鹿丸和手鞠囑咐鹿臺要取得勝利，本打算放棄作弊的博人聽到后改變了想法，善于運用頭腦的鹿臺將博人逼入了絕境，不肯認輸的博人再次使用了科學忍具。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

忍者學校的畢業考試就要開始了，筆試過后便是實技考試，各方面都很優異的博人很輕視這次的考試，他認為只要是考試就能輕松通過。實技考試開始了，監考老師有志乃、木葉丸和紅豆老師，而六代火影卡卡西也親自到場，雖然老師們展示出了前所未有的威壓，但過于自信的博人卻并沒有當回事兒。

曹操（鮑國安飾）為除后患密謀要殺劉備，陳登識破此計看穿，助劉備奪回徐州。但是曹操兵多將廣，劉備憂心忡忡。陳登獻計求北方袁紹出救兵以夾擊曹操。袁紹生性優柔寡斷，暫未出兵。經眾大臣商議，最終袁紹聽從許攸直言，發兵曹操。曹操亦不示弱，一方面派兵在徐州虛張聲勢，另一方面起兵抵抗袁紹。劉備（孫彥軍飾）識破曹操軌跡，派關羽張飛生擒對方敵將。