柯南和小蘭一行人受到園子的邀請，來到山里的度假小屋吹度山莊制作巧克力，正巧碰到了準備進入森林尋找日本野狼的新聞記者二垣，但到了飄雪的時候他還沒有回來，柯南和旅店的其他客人一起進入森林去尋找，然而找到的卻是陳尸雪地的二垣的尸體，他臉上的血跡被人擦掉，太陽眼鏡也被調整過，更奇怪的是在他的身旁還放置了亞子的巧克力。

阿笠博士帶柯南和少年偵探團去伊豆的海水浴場游玩，無意中聽到了當地的漁夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上8點餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現最后被發現死在了沙灘上。在現場調查之時柯南發現船上留下的紐扣的疑點，而死者滿是劃痕的手機使柯南發現了犯人的真實名目，但是犯人的殺人動機又是什么呢？

旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現，氣氛緩和許多。但就在幾小時后，龍藏在自己家被人殺害了。在調查現場后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

宇佐美過去曾殺害過被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對事件記憶不清，這樣為案件辯護的英理看來沒有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對疑點懷有疑問的柯南讓小五郎作為辯護方證人再次出庭，進行了新的推理最終指出了犯人的真實身份。美真治的嫌疑終被洗清。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……