柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現重要的線索，便將破案的關鍵再次鎖定日記，仔細反復查看之后，柯南發(fā)現了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認自己的發(fā)現，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱歡快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實，而此時柯南喝下了回國用的解毒劑暫時以新一的身份出現！在繼續(xù)調查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現了更多的線索。這時小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。

這個安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無辜公民的綁著炸彈的那個男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡訊，根據目擊者所說傳簡訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時候發(fā)現赤井已經離開了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動。

連續(xù)三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請小五郎一行來到家里，而小五郎他們在門口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時發(fā)現倒地身亡的片寄爺爺！而在調查過程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號信。