一個(gè)名叫護(hù)田的男子來(lái)到毛利偵探事務(wù)所。說(shuō)是要找亡妻的手表，但當(dāng)他聽(tīng)到毛利小五郎的名字時(shí)又打算逃走，此時(shí)少年偵探團(tuán)的各位自告奮勇接受委托。在尋找亡妻的手表的過(guò)程中護(hù)田的房東出月在房間里看電影。突然在那個(gè)房間傳來(lái)有東西破碎的聲音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的現(xiàn)場(chǎng)卻遺留了眾多的疑點(diǎn)。

柯南得知了整個(gè)案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請(qǐng)出了這起案件的關(guān)鍵——三郎，就在大家疑惑時(shí)，屋子里又出現(xiàn)了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來(lái)就是戳穿兇手，揭示真相的時(shí)刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是……

柯南在調(diào)查橘律師釣魚(yú)的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說(shuō)出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護(hù)。擔(dān)當(dāng)公訴人的女士是把英理視為對(duì)手的九條玲子。宇佐美堅(jiān)持殺人事件發(fā)生時(shí)什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經(jīng)營(yíng)的酒店去調(diào)查。小五郎說(shuō)事件發(fā)生時(shí)宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對(duì)此抱有懷疑的態(tài)度。而在柯南的分析下英里發(fā)現(xiàn)40分鐘的空白時(shí)間。最終小五郎是否會(huì)出庭作證呢？

雖然對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了調(diào)查，但警方無(wú)論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無(wú)策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒(méi)錯(cuò)，真正的工藤新一登場(chǎng)，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……