此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

與黑色組織面對(duì)面 滿(mǎn)月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車(chē)廂的小蘭突然沖出來(lái)，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無(wú)辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來(lái)就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話(huà)找出黑暗組織的boss？

這件兇案的最大疑點(diǎn)就是，兇手從這個(gè)亂七八糟的黑暗房間逃跑的時(shí)候，居然沒(méi)有發(fā)出任何聲響，而且門(mén)鎖也沒(méi)有被破壞的痕跡，由此看來(lái)，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說(shuō)唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來(lái)這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時(shí)兩人都沒(méi)有不在場(chǎng)證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時(shí)，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過(guò)影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪(fǎng)知名畫(huà)家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚(yú)，而傭人山本典子聯(lián)系他們說(shuō)靜山留下手書(shū)失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺(jué)自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！

如果電話(huà)一直沒(méi)人接，黑暗組織必將有所行動(dòng)，于是柯南拿起電話(huà)利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時(shí)間和地點(diǎn)，將交易時(shí)間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開(kāi)車(chē)返回東京，不料車(chē)子居然爆胎，就在這時(shí)，路上駛來(lái)一輛車(chē)，搭上順車(chē)的柯南發(fā)現(xiàn)車(chē)?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f(shuō)的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時(shí)檢查，不過(guò)柯南并沒(méi)有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？