為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

就在步美、元太他們因?yàn)槊魈炜床坏狡诖那騿T上場(chǎng)而唉聲嘆氣時(shí)，結(jié)識(shí)了一個(gè)名叫代田恭三的男人，他將對(duì)明天無(wú)限憧憬的正能量傳達(dá)給了少年偵探團(tuán)，大家也因此變的積極起來(lái)，但柯南卻察覺(jué)到這個(gè)人的異常，果不其然這個(gè)看似充滿希望的人卻企圖臥軌自殺，這到底是為了什么？小蘭誤接了“紅色長(zhǎng)袖t恤之謎”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百貨公司會(huì)見(jiàn)委托人，不想?yún)s在這里遇到……

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個(gè)周日的12：28所購(gòu)買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購(gòu)買人的長(zhǎng)相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開(kāi)始躁動(dòng)的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

在咖啡廳進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，柯南提醒警方和小五郎，他們?cè)?jiàn)到的久瀨或許并不是她本人，這時(shí)，莊堂提議帶他們?nèi)ゾ脼|買洋裝的服裝店，并證實(shí)了久瀨一個(gè)人來(lái)買衣服的事實(shí)，加之在咖啡廳打碎的杯子上檢測(cè)到久瀨的指紋，這些無(wú)疑都成了莊堂無(wú)法犯案的證明，然而，不論計(jì)劃多么嚴(yán)密，都無(wú)法瞞過(guò)柯南的眼睛，他將喋喋不休的小五郎麻醉并躲在柜臺(tái)后面道出了真相。