少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

正在和立野巡警交談的柯南等人看到了精神恍惚的貴和子小姐，前去詢(xún)問(wèn)時(shí)才得知她要拜訪(fǎng)的大岡先生死在了家中，今天前來(lái)拜訪(fǎng)的貴和子小姐和久榮先生都是被大岡勒索的人，用勒索得來(lái)的錢(qián)財(cái)用來(lái)du博的大岡讓兩人非常痛恨，但他們卻說(shuō)自己并沒(méi)有殺死大剛先生，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)醒目的縮寫(xiě)字母K，這個(gè)令人疑惑的死前訊息成了破案的關(guān)鍵。

看起來(lái)像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對(duì)警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話(huà)中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話(huà)，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過(guò)來(lái)，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個(gè)皮包，打開(kāi)之后里面竟是3千萬(wàn)的巨額鈔票，沒(méi)過(guò)多久鈔票的失主平沼先生便來(lái)到了警局。經(jīng)過(guò)調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢(qián)的時(shí)間有所出入，仔細(xì)觀(guān)察后的柯南得出了結(jié)論，平沼先生是在早上故意將錢(qián)放在路上，而他想把錢(qián)交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。