柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識(shí)的魔術(shù)愛好者見面會(huì)，在回家途中，柯南從收音機(jī)中聽到魔術(shù)愛好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個(gè)人到達(dá)別墅，很快第二個(gè)受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周圍卻一個(gè)腳印都沒(méi)有。

某天，柯南發(fā)現(xiàn)有人正在搶劫運(yùn)鈔車，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅(qū)車逃跑，之后，警方發(fā)現(xiàn)搶匪的車并認(rèn)定這是一起單純地?fù)尳偈录？墒虑椴⑽淳痛私Y(jié)束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點(diǎn)，這時(shí)，柯南意識(shí)到她有危險(xiǎn)，用發(fā)信器追蹤到達(dá)后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場(chǎng)找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說(shuō)法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說(shuō)以及兇手！

服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場(chǎng)的二樓倉(cāng)庫(kù)，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問(wèn)及兇手是如何在這個(gè)形如密室中的倉(cāng)庫(kù)作案時(shí)，柯南的回答卻是兇手根本沒(méi)有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場(chǎng)，那么兇手到底如何作案？信一為何會(huì)虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會(huì)導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？

小五郎曾教過(guò)的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車的姐姐小惠倒車出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒(méi)想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。