柯南在車上發(fā)現(xiàn)了一封信后，就更加肯定兇手是這個叫三角的人，可他到底使用了什么樣的犯案手法？就在柯南百思不得其解時，瑛祐突然大叫，原來他的手被擋風(fēng)玻璃的碎片劃傷，小蘭拿出OK繃給他包扎，這時，柯南靈光一現(xiàn)，知道了兇手的犯案手法，他利用老方法將小五郎麻醉，沉睡的小五郎再次出馬。

因接到電視臺的邀請，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個與職棒選手能勢和主持人本山對談的節(jié)目錄制。在機(jī)場與本山會合之后，一行人打算去能勢下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢死亡的時候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場證明，那么，他到底是如何往返于兩個地方犯案的？

為了做天體觀測，阿笠博士帶著少年偵探隊來到一個坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯(lián)誼的高木和佐藤警官，然而，在聯(lián)誼進(jìn)行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據(jù)彩和她弟弟將史的說法，警察將目標(biāo)鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經(jīng)過一一調(diào)查卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異樣，難道犯人不在他們之中？

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點(diǎn)見面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過推理，他們一行人來到動物園，將信上的數(shù)字與動物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會是阿笠博士的初戀嗎？