"中出現的高智慧未來生物！Lester平日里一副不經事的模樣，此時此刻卻表現得異常英勇。最終，在猛犸象的“幫助”下，兩個未來生物都被殺死了。 趕回來的Cutter與Connor等人開始破譯Leek的個人檔案，但是他們萬萬沒有想到——他們又中了Leek的詭計，一個定時炸彈被啟動了，異常點研究中心危在旦夕！不過，聰明的Cutter在最后關頭阻止了炸彈的爆炸。隨后，Cutter發現那些未來生物被安裝了遙控控制器，于是叫Connor用異常點探測器檢查遙控信號的源頭。Lester堅持要求軍方控制局面，禁止 Cutter等人參與行動。但是Connor用異常點探測器找到了Caroline的手機信號，于是決定和Abby一同去尋找被“綁架”的Rex。閑得無聊的Cutter也跟了過去，順便拉上了無事可做的Jenny。 當眾人跟蹤Caroline的手機信號來到一個廢棄倉庫時，等待他們的卻不是Caroline，而是Leek和他荷槍實彈的雇傭兵！還有Helen！還有……第二季中出現過的所有遠古（未來）生物！ 一只兇猛的怪獸大軍已然形成，世界將陷入一片混亂。在這個關鍵時刻，有一個人挺身而出，成了最關鍵的人物……究

一艘潛艇在海中遭遇入侵生物的襲擊，馬特等人很快就發現了異常點。馬特、艾比和康納決定乘這艘潛艇前去封鎖異常點。到達異常點后，這艘潛艇被奇怪的力量吸引，瞬間穿過異常點。就在馬特等人下落不明的情況下，海軍部的人對異常點研究中心研究員的能力產生懷疑，海軍部的人毅然決定發射核彈封鎖異常點。就在核彈即將發射的危急時刻，馬特等人及時從異常點穿越回來，及時封鎖了異常點。

又一個地方發現了遠古生物殺害人類的事件，Cutter等人義不容辭的參與真相調查。被害人是在泳池被一個類似鱷魚的巨型生物吞下，其殘骸竟然在30公里以外的海域被發現，處處充滿危險，情況非常緊急。通過一系列調查，在海域附近發現了一些線索，Cutter等人相信在這片海域下面一定存在通向遠古的異常點。Cutter帶人下水查看，總算找到了異常點， Connor 和Abby二人在岸邊卻遭到怪獸攻擊，差點喪命。一個普通公民家里的地下室突然被水淹沒，似乎被怪獸侵入，并且導致一名工人被襲擊，令人更加意外的是竟然還發現了當時在海域失蹤的特種潛水員的尸體。Stephen突然記起自己受傷時的一些事情，包括在朦朧中見到Helen，Cutter 再次萌生想進入異常點尋找妻子Helen的想法。在獲得政府相關官員允許后，Cutter 獨自一人進入了水底的異常點，來到了遠古時代。不出所料Cutter見到了思念已久的妻子，對妻子八年來的所作所為，Cutter 非常不解，Helen想要Cutter和自己并肩戰斗，但Cutter卻一心只想把妻子帶回，Cutter最終還是將Helen留在了遠古時代，自己一人返回。不料途中遭到怪獸

卡特犧牲后，萊斯特任命珍妮來接替他的工作。探測器測到異常點在一座廢棄的大樓里，珍妮帶人立刻趕到，不想卻被克里斯蒂娜·約翰遜攔截，克里斯蒂娜否認有異常點，萊斯特懷疑克里斯蒂娜的所作所為與軍方有關。總是纏著珍妮不放，想得到大新聞的記者米克偷走了珍妮的手持探測器并設計調開了珍妮等人。米克搶先來到異常點放生地，誰料巨大的巨獸龍跑了出來，大鬧機場，幸虧丹尼趕來幫忙才把巨獸龍引回異常點。通過這次斗爭，新的領導者珍妮變得更加成熟。

文縣一役，張顯宗損兵折將狼狽敗逃，身受重傷獲岳綺羅施法治愈。傷勢愈合的張顯宗對顧玄武恨之入骨，欲報奪城之仇，暗中命令手下人打探顧玄武的動向，以便來個出其不意攻其不備。顧玄武奪下了文縣，心情悅快上門找無心飲酒，兩人是酒逢知已千杯少，顧玄武喝得酩酊大醉，賴在月牙睡覺的床鋪上不肯離去，手下人拿其毫無辦法，只得守在屋外站崗，以防有人忽然偷襲。張顯宗在夜色的掩蓋下帶兵偷襲，開槍殺死在屋外站崗的士兵。處于睡夢中的顧玄武被槍聲驚醒，愴惶沖出房間正好遇到迎面而來的張顯宗，仇人相見，分外眼紅，張顯宗拔槍向顧玄武射擊，顧玄武因手下身亡勢單力薄，成了光桿司令，只能且戰且逃。在雜亂的槍聲中，張顯宗一方處于上風，無心從一間房間沖出來，不顧一切與張顯宗拼命，月牙擔心無心遇到危險，拾起一把手槍，對準張顯宗開了一槍，槍聲響起，張顯宗胸部中彈倒在地上。岳綺羅救走了張顯宗，張顯宗奄奄一息命不久矣，臨死之前自責未能保護岳綺羅。人死之后，魂魄由天靈蓋飄出，岳綺羅將張顯宗的魂魄打回體內，找來針線縫好張顯宗身上的槍傷，兩個士兵趴在窗戶外面，面色蒼白目睹岳綺羅救活張顯宗的情景，張顯宗復活之后身體還在腐爛，他已經成了一具擁有思想的行