以大阪發(fā)生的事件為契機，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準備乘坐電梯回去時又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點，根據(jù)高木警官打聽的結果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

為了趕上先搭上巴士前往滑雪場的少年偵探團一行人，柯南和灰原只好請昴先生駕車前往，途中他們巧遇高木警官，正在和高木警官談話的時候事件發(fā)生了。趕往現(xiàn)場后他們看到了從公寓高樓墜落的遺體，案發(fā)現(xiàn)場附近發(fā)現(xiàn)又三人認識墜落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的熱氣和未燃完的香煙成為了三人不在場證明的證據(jù)。

經(jīng)過調查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應，反而在被害者的衣服內側以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認可，就在他準備以自殺或意外結案的時候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

泡沫、熱氣和煙的實驗與室溫并沒有關系，在聽到三人單獨的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實施了實驗，事發(fā)時吵鬧不停的鬧鐘和他們到達案發(fā)現(xiàn)場的時間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

少年偵探團對于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來的他們和柯南一起展開了調查，聰明的賈斯丁并沒有坐以待斃，顯眼的他四處留下關于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒有結束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點，柯南能感覺到這件事情還不止這么簡單。