小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說(shuō)到別府溫泉最有名的莫過(guò)于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時(shí)候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問(wèn)下小五郎才說(shuō)出了實(shí)情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長(zhǎng)的女兒麻奈美，柯南根據(jù)照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開(kāi)始。

早上，米小圈父親和媽媽商量老家一個(gè)親戚二叔病了，他身邊無(wú)兒無(wú)女生活非常不方便，媽媽同情地說(shuō)可以接來(lái)照顧幾天，媽媽這句話(huà)正中爸爸下懷，他立刻去收拾雜物室，看到爸爸這么積極，媽媽知道又上當(dāng)了。姜小牙給米小圈看自己新得到的自行車(chē)，米小圈羨慕得不行，姜小牙說(shuō)這輛自行車(chē)是他爺爺送的，另一個(gè)同學(xué)鐵頭也說(shuō)他爺爺為他買(mǎi)了一個(gè)大榴蓮，可好吃了，米小圈又羨慕得不行，什么時(shí)候他爺爺也能送這么多禮物啊！終于下午回到家，米小圈看到二大爺回來(lái)了，他興奮地將二爺爺接到自己臥室住，看著兒子如此善解人意，米小圈的父親非常高興，覺(jué)得孩子終于能夠尊老愛(ài)幼了，母親不以為然，她覺(jué)得米小圈心里一定又在打什么壞主意。果真晚上，米小圈給爺爺錘完腿后，故意指著電視上的兒童自行車(chē)，問(wèn)爺爺知不知道他缺什么，爺爺點(diǎn)點(diǎn)頭，第二天，爺爺在學(xué)校附近無(wú)意中看到孫子羨慕地摸著別的同學(xué)的自行車(chē)，被同學(xué)無(wú)情嘲笑，他拉著孫子說(shuō)回來(lái)爺爺也給你買(mǎi)一輛。爺爺?shù)脑?huà)讓米小圈無(wú)比高興，激動(dòng)地一下午耳朵都嗡嗡直響，到了晚上，天色很晚了，米小圈一臉憧憬地來(lái)到樓下等著看爺爺給他買(mǎi)的自行車(chē)，等了好久，等到花都謝了，終于看到了爺爺?shù)挠白樱仔∪εd奮地跑上前問(wèn)爺爺新自行車(chē)在哪里？

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱(chēng)“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線(xiàn)，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫(xiě)有打開(kāi)機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書(shū)中，眾人紛紛開(kāi)始查閱圖書(shū)館中的藏書(shū)。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書(shū)籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書(shū)中找出紙條時(shí)，圖書(shū)館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。