鈴木次郎吉宅邸中的大保險柜——鐵貍是由幕末的機關師三水吉右門衛(wèi)制造的無法攻陷的最強保險柜。針對鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰(zhàn)書，揚言自己將打開那個擊退了無數(shù)盜賊的堅固門扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯(lián)動的防盜裝置，任誰想要接近保險柜都極其困難。在預告作案的當天，中森警官率領警隊進行了嚴密的布防，可是基德的第二封預告信還是出現(xiàn)在了保險柜前，難道他已潛入宅邸？

當晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場的人。

柯南等人和阿笠博士一起來雪山玩，元太堆雪人的時候，結(jié)識了正在為美術(shù)大學做畢業(yè)展作品的四名大學生，可沒過多久其中一名叫小倉朔子的女生竟然不見了身影，于是，大家在茫茫風雪中分頭尋找，卻意外的發(fā)現(xiàn)朔子竟然死在滑雪場懸崖下的池塘里，警察也立刻趕來介入調(diào)查，并分別對死者的其他三名朋友進行偵訊，但沒有發(fā)現(xiàn)任何可疑之處。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認領，為了辨認誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因為那名兇手身上也有一道傷痕。當晚，小五郎泡澡的時候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？