小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚，而傭人山本典子聯(lián)系他們說(shuō)靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來(lái)到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？

小五郎、柯南和小蘭接受工務(wù)店社長(zhǎng)河井的款待，來(lái)到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對(duì)岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷于釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢(shì)，赤腳握著釣魚竿。。煙火大會(huì)第一部結(jié)束，夜空變黑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)倒下的河井與山崎。河井尚有意識(shí)站起，而山崎則觸電死亡。

出席熊本網(wǎng)球大會(huì)的柯南他們，大會(huì)當(dāng)日小蘭被誘拐?？履匣叵胄√m電話中內(nèi)容判斷出小蘭現(xiàn)在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機(jī)中接收到的兩條短信的內(nèi)容后，知道內(nèi)容來(lái)自倉(cāng)庫(kù)。在救出小蘭之后眾人發(fā)現(xiàn)立川的目的。頒獎(jiǎng)典禮上立川果然當(dāng)中刺殺成增先生。在來(lái)苑子的說(shuō)服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復(fù)仇之路。

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？