深夜從酒館醉醺醺出來的小五郎在回家的路上差點被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇他的短信，就在他回想與誰結仇的時候，小蘭發現這根本不是小五郎的手機，外套也是一個叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔心，在第二天調查的時候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒有受傷，調查不斷深入，柯南察覺到了其中的端倪……

小蘭、園子和柯南在打掃工藤家的房子時，門鈴突然響起，這個人正是出演女高中生偵探小雪的上戶彩，她急匆匆跑來是想要拜托新一找一位關系要好但如今不知去向的老奶奶，柯南在不暴露身份的情況下詳細詢問了奶奶離家出走時的情況，這時，園子說她知道老奶奶的所在，于是，一行人來到了社樂紀念館，遺憾的是柯南等人趕到時，老奶奶已再次離去，他們能找到老奶奶嗎？

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時擔任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊出動，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對人財兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂的狙擊手無法射擊，此次計劃也只好暫時取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車繼續進行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。

情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫院，當白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現在能做的就保護犯案現場等待警察的到來。期間柯南對現場進行調查發現了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。