受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

鷹取嚴(yán)男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當(dāng)他醒來時(shí)鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫(yī)院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發(fā)現(xiàn)的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發(fā)現(xiàn)了被盜珠寶店的采購(gòu)員的尸體。

警方分別對(duì)三位女當(dāng)事人進(jìn)行了詢問，并檢查了她們隨身攜帶的物品，而案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)所發(fā)現(xiàn)的白色涼鞋成為了本案最大的疑點(diǎn)。在諸多線索的指引下，柯南和世良很快便推理出兇手的身份，但卻未能明白兇手的作案手段。最終在園子不經(jīng)意的提示下，柯南順利地將案發(fā)過程演繹給眾人，成功找出真兇。而兇手與死者之間，竟有這樣一段不為人知的往事……