小蘭從昏迷中醒來時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場的人。

死者因背部被利刃刺中失血過多而死，警方立刻展開了調(diào)查，他們首先對撒旦鬼塚進(jìn)行了偵訊，雖然他可以卸去魔鬼妝假扮送外賣的員工跑去二樓殺人，但大家并未在他的休息室內(nèi)找到鏡子，在沒有鏡子狀態(tài)下他如何變回魔鬼妝？柯南一開始就認(rèn)定社長是鬼塚所殺，可是卻苦于想不到他的犯案手法，一籌莫展之際，桌子上的紙鶴和透明尺給了他提示，變身魔鬼之謎終被破解！

沒過多久，綁匪就打來電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……