警方在露天澡堂里找到了殺死兩人的兇器神刀以及一條沾有血跡的浴巾，隨后警察又對(duì)旅館里有犯案嫌疑的人逐一進(jìn)行偵訊，柯南也獨(dú)自展開了調(diào)查，他雖然發(fā)現(xiàn)了安西繪麻死亡現(xiàn)場(chǎng)雪的深度有所不同，但還是不能解開為何只留下了一串腳印的謎題，就在這時(shí)電視上的滑雪大賽給了他啟發(fā)，如果兇手采用那種手法，那么，這一切謎題也就迎刃而解。

13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

柯南和元太等人在外玩耍時(shí)，遇到了三個(gè)對(duì)蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時(shí)，系川打電話給新野教授，可對(duì)面卻傳來(lái)一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時(shí)，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒(méi)有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對(duì)電話動(dòng)了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識(shí)的這三名蜘蛛愛(ài)好者都有殺人的動(dòng)機(jī)，兇手一定就在他們之中。

小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿的位置，根據(jù)祥子提供的線索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話過(guò)去詢問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識(shí)了兩情相悅卻無(wú)法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過(guò)篩選，具有殺人動(dòng)機(jī)的有四個(gè)人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說(shuō)曾見(jiàn)過(guò)福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，可福間卻對(duì)此沉默不語(yǔ)像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？