看過澤南留下的死亡訊息后，柯南知道了兇手的真面目，但是在揭發(fā)真相之前必須要破解這兩個(gè)密室殺人的手法，于是，他獨(dú)自來到比良坂的死亡現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，并在這個(gè)房間內(nèi)的花瓶上發(fā)現(xiàn)了海報(bào)碎片，這條關(guān)鍵的線索讓他恍然大悟，原來兇手制造密室所利用的工具竟是海報(bào)，為了說明真相，他拜托高木和千葉警官場景重現(xiàn)，當(dāng)然，兇手就是那個(gè)人！

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。

受小林老師之托的少年偵探團(tuán)在視聽教室找防范犯罪錄音帶，這時(shí)，千葉警官突然出現(xiàn)，雖然他嘴上說是為了懷念母校，但實(shí)際目的卻是為了找13年前一個(gè)女孩子留給他的情書回復(fù)，詢問過詳細(xì)情況后，大家?guī)退黄鹪诒姸噤浻皫е姓遗⒘粝碌男畔ⅲ罱K，柯南找到了女孩的回復(fù)，得知對方也喜歡自己的千葉，準(zhǔn)備在今晚的同學(xué)會向這名女生表白，曾經(jīng)錯(cuò)過這段感情的千葉警官能找到自己的幸福嗎？

柯南被小五郎拜托照顧一個(gè)叫圣誕的兩歲孩子，因?yàn)樗膵寢屖幼罱偸潜徊幻魅耸扛櫍谑切∥謇砂抵羞M(jìn)行保護(hù)，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時(shí)候被人綁架，為解救人質(zhì)尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進(jìn)行調(diào)查，在一片狼藉的屋內(nèi)柯南發(fā)現(xiàn)了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場無聲的誤會！

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！