毛利小五郎收到一封落款人名為倉田屋駒吉的信件，此人號稱要把傳家寶送給他，于是小五郎便與柯南和小蘭一同前往約定地點山口縣。來到山口縣的三人偶遇了記者夏目明日香，小五郎謊稱三人是來此地度假的，明日香便主動請求為三人當導游。然而在旅行中，小五郎不慎說漏嘴透露出此行目的，卻因此遭到了警察的逮捕。原來名為倉田屋駒吉之人竟是一名搶劫犯，而所謂的傳家寶則是搶來的貴重贓物……

建太去撿球時透過窗戶發現了一個人身受重傷靠在沙發上，待大家發現后檢查傷者已經死亡。柯南不認為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經警察調查后得知受傷死者是房地產老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發生時河合的妻子優子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉學，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實小學的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會。一天，米小圈的父親接到一個電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學，將自己關在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時給米小圈的壓力太大，準備今后帶他經常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時在父親的高壓下學習，差點造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對滿墻的獎狀，他也開始反省，是不是自己“散養”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點是在中國，并且標準的農家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

為了紀念戰國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當地的英雄秀表演。表演結束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發現案件并沒有結束……